幕府末年，日本风云变动，腐朽与新生相互角力，舞台的一隅，小人物的传奇也在上演。江户城内，重兵卫、吉冈、古畑三位出身武士世家任职于奉行所的捕吏，在一次外出中，遭遇座敷童子偷窃御赐宝珠的大案，三人见证了一场筹备十余年的复仇。座敷童子案后，古畑先行离开，重兵卫和吉冈且游且行，遇到俏皮可爱的河童之女阿音，因阿音与重兵卫有关，两人便决定带上阿音回江户，路上碰到重现“京鹿子娘道成寺”的诡异犯罪，痴情女鬼纠缠俊美和尚。三人在追查过程中也遭遇了最大最恶的对手——妖僧觉空…… 百妖捕物帐：一念